引用
引用第8楼fay924于2008-02-18 09:58发表的 : ph*9,\c8
楼主,你好! 1#rcxUS
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我想向你请教一下关于NetBlast的问题。当我用 blastcl3 -p blastn -i chr1_NM_000036.gene -d mouse_contig/genome -o chr1_NM_000036.out 来进行blastn时“No hits found”,可能是数据库参数错误。我又试 blastcl3 -p blastn -i chr1_NM_000036.gene -d chromosome -u "mouse" -o chr1_NM_000036.out 时,程序跑了一夜,第二天看时虚拟内存不够,晕! <1i:Z*l.
对于 -d 数据库的参数我不是很清楚。另外,能否借鉴一下你的用来控制blastcl3运行的调度程序,我有好几百条序列要分析。 tKtKW5n~
先谢啦!
tQz =_;jy t"[x x_i wyF'
B 呵呵,俺不过发了一个牢骚,居然被人搜索到这个地方,专门注册了跟来问这个问题。看来在网络上要小心啊!
rN0G| 49S*f 1. 我把源程序给你发到信箱,你自己用用试试吧!不过你只做几百条序列的BLAST好象并不需要用这个程序。
l* C> ;!H<W[ 2. 你用-d参数指定的数据库不正确。 请参看NetBLAST客房端的帮助文件,可以先考虑使用nr参数。
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|pC~ XV)<Oav s 3. 如果你需要用-u参数来限定mouse的序列,你应该使用-u "mouse[organism]"